原料預處理后一般要先進行預凍。這是由于物料內部水分較多時，若直接進行抽真空處理，會使溶解在水中的氣體因外界壓力減小而逸出，形成氣泡，導致原料內部和表面均出現空洞，影響感官品質。
真空冷凍干燥機凍干時，既要保持產品的優良品質，又要取得較快的干燥速率。升華所需要的潛熱要須由熱源通過外界傳熱過程傳送到被干燥物料的表面，然后再通過內部傳熱過程傳送到物料內冰升華的實際發生處。所產生的水蒸氣要通過內部傳質過程到達物料的表面，再通過外部傳質過程轉移到蒸汽捕集器（冷阱）中。任何一個過程或幾個過程一起都可能成為干燥過程的“瓶頸”，它取決于凍干設備的設計、操作條件以及被干燥物料的特征。只有同時提高傳熱、傳質效率，增加單位體積凍干物料的表面積，才能取得更快的干燥速率。
